Un endosymbiote ou endosymbionte est un organisme qui vit à l'intérieur d'une autre cellule ou d'un autre organisme, l'association ainsi formée est une endosymbiose.
Pour exemple, la bactérie rhizobium fixatrice d'azote vit dans les nodosités racinaires des légumineuses ou encore l'algue unicellulaire (zooxanthelle) vivant dans les coraux et qui leur permet de construire leur squelette externe ou enfin les bactéries endosymbiotes des insectes qui leur fournissent entre 10 et 15 % de leurs nutriments essentiels, ce qui traduit une large diversité d'endosymbiose.
Beaucoup d'endosymbioses sont obligatoires, soit l'hôte soit l'endosymbiote ne peut survivre sans l'autre organisme ou les deux. Mais toutes les endosymbioses ne sont pas obligatoires.
Il est également généralement admis que les organites tels les mitochondries et les chloroplastes ont pour origine l'endosymbiose.